プロテオーム深度6000
メディカル・プロテオスコープのプロテオーム受託分析
プロテオミクスでは同定と計量の両面において常に高い網羅性が求められています。このニーズに応えるべく、当社はペプチド混合物のイオン交換分画とモノリスC18カラムを組み合わせたショットガン分析法を開発しました。標準的な培養細胞から6000種類を超えるタンパク質を計量可能なレベルで同定することができます。
さらに高い網羅性をめざして
低スケール化した強カチオン交換クロマトグラフィーによって取得したペプチド画分を、それぞれ高分離LC-MS/MSに導入します（下図）。
分析のワークフロー
分析の手順
次に示す手順は非標識（ラベルフリー）法をもとに最適化していますが、各種標識を施した試料にも適用することができます。
① 試料タンパク質のプロテアーゼ加水分解で得られたペプチド混合物を強カチオン交換クロマトグラフィーによって分画します (Adachi J. et al., Anal Chem 2016)。
② 各ペプチド画分を、C18モノリスカラム (75 cm ～ 2 m) を接続したLC-MS/MSに導入します (Yamana R. et al., J Proteome Res 2013)。
③ LC-MS/MSデータをソフトウェア上で統合し、試料間でプロテオームを比較します。
本法を活かすには
次のような研究に最適です。ご要望に応じて分析条件を変更することができます
・従来のOne-shot測定では十分な同定網羅性が得られない場合
・各種翻訳後修飾の分析
・血漿/血清のプロテオミクスにも（要ご相談）
分析の対象
・培養細胞、培養上清
・組織検体
・血漿/血清
など多数。
おもに使用する分析機器、解析ソフトウェアなど
強カチオン交換分画
GL-Tip-SCX（ジーエルサイエンス）
分析カラム
MonoCap C18 High Resolution 2000（ジーエルサイエンス）
液体クロマトグラフ
Ultimate 3000 RSLCnanoシステム（サーモフィッシャーサイエンティフィック）
質量分析計
Q ExactiveTM 四重極-Orbitrap質量分析計（サーモフィッシャーサイエンティフィック）
配列データベース検索
Mascot® Server ver. 2.8（マトリックスサイエンス）
LC-MS/MSデータの計量比較解析
Proteome DiscovererTM ver. 3.0（サーモフィッシャーサイエンティフィック）
おもな納品物
分析報告書： 試料調製からデータ解析までの各工程を詳述します。分析結果への簡単な考察も加えます。
タンパク質/ペプチドの同定結果および計量値： 表計算ファイルにまとめたものを添付します。
分析の成功のために
・出発試料に含まれるタンパク質の量は、網羅的な分析の場合100 µgを基準にしています。ただし、これより少ない量でも充分な結果が得られることが多いです。
・試料を準備される前にあらかじめご相談いただくと、質と量ともに満足いただける分析結果が得られる可能性が高くなります。
・提供試料の総タンパク質量の測定値がご依頼者と当社の間で大きく隔たっている場合は、お打ち合わせの上、提供試料の再調製をお願いすることがあります。
・分析の成否は試料の状態にも依存しますので、最初は少数試料を用いた事前検討をお勧めします。
・試料の種類やタンパク質の組成によってはタンパク質同定数が6000に届かないことがあります。
分析例
次の例では、Hela細胞から合計6,134種類のタンパク質を計量可能なレベルで同定しました（下図）。
分析条件
・出発試料： HeLa細胞から調製したタンパク質混合物50 µg
・SCX： GL-Tip SDB-SCX 7分画
・LC： Ultimate 3000 RSLCnano
・カラム： MonoCap C18 High Resolution 2000
・MS/MS： Q Exactive 質量分析計
・データベース検索： Mascot
・ラベルフリー計量： Progenesis QI
ペプチド分画とロングモノリスカラム（2 m）の組み合わせの効果
2024年1月16日更新
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