プロテオームデータの解析サポート
メディカル・プロテオスコープのプロテオーム受託分析
現在のプロテオミクスが取り扱う情報の量は、質量分析計や各種分離技術の発展に伴ってますます膨大になっています。当社では、プロテオームのLC-MS/MS測定データを処理・解析するためのノウハウを蓄積しています。単なるタンパク質同定計量一覧の出力にとどまらず、プロテオーム情報にさらなる価値と信頼性を与えます。
プロテオーム解析のワークフロー
非標識LC-MS/MSにおける測定データ解析の様子を示しました。〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇公共リポジトリへのデータ登録も代行しています。
〇
こんな方におススメ！
☆ 手持ちの分析データが膨大で自分で解析する時間が取れない。
☆ プロテオーム解析のことがよくわかっているヒトにデータ解析までお任せしたい。
☆ プロテオームデータを発表用の図にしたい（魅せたい）。
☆ そもそもちゃんと分析できているだろうか（確かめる方法は？）。
おもなサポート項目
ご要望に応じて最適なサポートプランをご提案します。
各種図表の作成
タンパク質/ペプチドの同定計量一覧の情報をもとに、分析結果全体を概観できる散布図や論文投稿に必要な図表を作成します。
例：
・MAプロット
・ボルケーノプロット (Volcano plot)
・ヒートマップ
MAプロットとボルケーノプロット
散布図上の各点が個々の同定タンパク質に対応します。MAプロット〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇は測定1回同士の比較も可能です。また、計量値の正規化処理の成否〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇を確認するときにも便利です。ボルケーノプロットは、分析群間の計量〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇比較を統計的に評価する際に用います。〇
「MAプロット (MA plot)」： タンパク質の計量値のばらつきや分析群間での差異を概観するためのグラフです。計量値について、分析間あるいは分析群間の対数比 (M) と平均値の対数 (A) をグラフの各軸に取ります。このグラフを見ればデータの歪みを直感的に把握できますし、計量値の補正処理を確認するときにも便利です。なお、遺伝子発現にも同様の散布図が用いられています。
「ボルケーノプロット (Volcano plot)」： このプロットもプロテオミクスや網羅的な遺伝子発現解析で頻用されています。見た目が火山 (Volcano) の噴火に似ていることからこの名が付いています。上記のMAプロットで、平均値の対数の軸を分析群間の対数比の統計的有意性（p値）(−logx) に置き換えるとボルケーノプロットになります。分析群間の量的変動が大きく、かつその統計的有意性が高いタンパク質は図の右上や左上に位置します。
〇
クラスター解析結果のヒートマップ表示
タンパク質計量値の分析間の相違を色彩と濃淡で表現します。
〇
候補タンパク質情報の抽出
同定タンパク質のなかから、当社で設けた基準にしたがって分析間または分析群間で量的に有意な差異が認められたタンパク質情報を挙げます。
〇
候補タンパク質の同定計量情報の確認
ソフトウェアを用いて出力した情報には同定と計量の両面で少なからず間違いが含まれています（偽同定、計量値の欠損、他）。そこで、各帰属ペプチドの生データに戻ってこれらの正否を確認します。
おもな確認事項：
・MS/MSデータとアミノ酸配列との照合の状況
・ソフトウェアから出力された計量値の妥当性
候補タンパク質情報の信頼性の確保
ウエスタンブロットなどの検証実験を成功裏に進めるために必要な〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇〇ステップです。
細胞膜貫通領域の推定
各同定タンパク質の膜貫通領域 (Transmembrane domain) の有無と数を同定計量一覧の情報に加えます。同領域は細胞膜に局在しているタンパク質群の特徴のひとつであり、ソフトウェアを用いてアミノ酸配列全長から予測することができます。また、細胞外小胞 (Extracellular vesicles, EVs) の分析でも同様の手順で内包タンパク質との区別が可能です。
細胞膜に組み込まれているタンパク質
膜貫通領域は細胞膜への局在の指標となります。
論文投稿への支援
当社の納品データをもとにして論文投稿を準備される際は、下記のリポジトリを始めとして必要な作業を支援します。
・「Materials & Methods」の記述のために参考となる論文を紹介
・投稿原稿の内容（とくに分析手順）を確認、および修正加除
・査読意見について適切なコメント
公共リポジトリへのデータ登録
プロテオミクスの論文を専門誌に投稿する際には、測定データファイルや同定計量一覧ファイルのアップロードが義務付けられています。当社サービスをご利用して得られたファイル類については、リポジトリへの登録を代行いたします*。
*登録先はJPOST (https://repository.jpostdb.org/) に限ります。
「リポジトリ (Repository)」： さまざまなデータ、情報、知識や成果物を蓄積するデータベースのこと。JPOSTはプロテオームデータ専用のリポジトリであり、我が国のプロテオミクス研究者が中心になって維持管理しています。海外ではPRIDE（欧州）、MassIVE （米国）や、iProX（中国）などがJPOSTと同様の機能をもっています。サイト間の連携も進んでいます。
分子ネットワーク解析
プロテオミクスによって同定された候補タンパク質群の情報を、分子間相互作用データベースと照合します。候補タンパク質同士だけでなく、既知の相互作用分子との関係も明らかになります。
株式会社KMデータとの事業提携による解析サービスです。
ネットワーク解析結果の表示
おもに使用する解析ソフトウェア
配列データベース検索
SEQUEST HTソフトウェア（サーモフィッシャーサイエンティフィック）
LC-MS/MSデータの計量比較解析
Proteome DiscovererTM ver. 3.0（サーモフィッシャーサイエンティフィック）
同定計量情報の統計解析と視覚化
Perseus (Max Planck Institute)
2024年8月14日更新
お問い合わせはこちらから
オンライン形式のお打ち合わせも大歓迎です。
